質(zhì)譜儀以離子源、質(zhì)量分析器和離子檢測器為核心。離子源是使試樣分子在高真空條件下離子化的裝置。電離后的分子因接受了過多的能量會進(jìn)一步碎裂成較小質(zhì)量的多種碎片離子和中性粒子。它們在加速電場作用下獲取具有相同能量的平均動能而進(jìn)入質(zhì)量分析器。

    質(zhì)譜分析手段在過去的十年中飛速發(fā)展，目前這種分析手段的應(yīng)用幾乎遍及每個角落。尤其是在生命科學(xué)領(lǐng)域中，質(zhì)譜分析已經(jīng)成為蛋白質(zhì)以及小分子應(yīng)用中*的一種分析手段。

    從技術(shù)的角度來說，大部分的質(zhì)譜儀都無法獲得所需要的所有信息，因此必須同時應(yīng)用兩種或更多的檢測手段來達(dá)到*大的靈敏度和生產(chǎn)能力。

    對于某些應(yīng)用來說，由于產(chǎn)物離子的靈敏性通常情況下不是很強(qiáng)，因此想要通過三倍的四極矩設(shè)備來獲得高質(zhì)量的譜圖是非常困難的。這種靈敏性上的欠缺可以通過QqTOF技術(shù)來克服，這種技術(shù)能夠提供附加的質(zhì)譜信息，但是真實的前體和中性損失掃描實驗以及可信賴的定量分析就很難實現(xiàn)了。盡管離子阱質(zhì)譜儀（MS）可以實現(xiàn)多次敏感的質(zhì)譜（MSn）實驗，從而弄清楚反應(yīng)機(jī)理，簡化光譜的干擾。

    但是前面的問題對于三維離子阱技術(shù)來說同樣無法避免。盡管如此，三維離子阱很容易發(fā)生過載現(xiàn)象（空間充電效應(yīng)），這種現(xiàn)象可能導(dǎo)致質(zhì)量漂移，分解損失以及光譜和校準(zhǔn)曲線的非線性。因此，三維離子阱不適用于較大量的分析。所有這些在**代混合線性離子阱/三倍四極質(zhì)譜儀開發(fā)出以后都得到了改變，來自Applied Biosystems 和MDS SCIEX公司的Q TRAP LC/MS/MS系統(tǒng)，是在API 2000 LC/MS/MS平臺的基礎(chǔ)上開發(fā)出來的，產(chǎn)品已經(jīng)投放市場，馬上受到蛋白質(zhì)以及藥物開發(fā)質(zhì)譜儀領(lǐng)域的廣泛歡迎。